Согласно Федеральному закону от 06.10.1999 № 184-ФЗ «Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации», систему органов государственной власти субъекта РФ составляют: законодательный (представительный) орган государственной власти субъекта РФ; высший исполнительный орган государственной власти субъекта РФ; иные органы государственной власти субъекта РФ, образуемые в соответствии с конституцией (уставом) субъекта РФ. Конституцией (уставом) субъекта РФ также может быть установлена должность высшего должностного лица субъекта РФ.
Структура исполнительных органов государственной власти субъекта Российской Федерации определяется высшим должностным лицом субъекта РФ (руководителем высшего исполнительного органа государственной власти субъекта РФ) в соответствии с конституцией (уставом) субъекта Российской Федерации.

1) Глава субъекта РФ.
Среди глав субъектов РФ представлены Главы республик, губернаторы краев, областей, автономных округов, автономной области, а также городов федерального значения, 2 главы администрации областей (Тамбовская и Липецкая области), Мэр (Москва).
До 2004 года главы субъектов РФ избирались прямыми региональными выборами. В 2004 году был внедрен механизм назначения глав субъектов РФ по инициативе Президента РФ. С 2012 года были возвращены прямые выборы глав регионов, при этом участие Президента РФ в этом процессе сохранилось.
На сегодняшний день в России представлены два возможных механизма избрания глав субъектов РФ.
I. Прямое избрание населением. Этот механизм включает следующие этапы:
- выдвижение кандидатур на должность высшего должностного лица субъекта РФ политическими партиями. Политическая партия вправе выдвинуть кандидатом на указанную должность лицо, как являющееся членом данной политической партии, так и не являющееся членом данной или иной политической партии.
Законом субъекта РФ может предусматриваться выдвижение кандидатов на указанную должность в порядке самовыдвижения. В таком случае необходим сбор подписей – не менее 0,5% от числа избирателей субъекта РФ. Выдвижение кандидата политической партией и самовыдвижение кандидата должны поддержать от 5 до 10% депутатов представительных органов муниципальных образований и (или) избранных на муниципальных выборах глав муниципальных образований субъекта РФ;
Для выдвижения кандидата политической партией, так и в порядке самовыдвижения требуется прохождение «муниципального фильтра» – получение поддержки от 5 до 10 % депутатов представительных органов муниципальных образований и глав муниципальных образований субъекта РФ. При этом депутат представительного органа муниципального образования или глава муниципального образования может поддержать только одного кандидата, выдвинутого любой политической партией либо в порядке самовыдвижения.
Президент РФ по своей инициативе может провести консультации с политическими партиями, выдвигающими кандидатов на должность высшего должностного лица субъекта РФ, а также с кандидатами, выдвинутыми на указанную должность в порядке самовыдвижения;
- проведение голосования среди населения данного субъекта РФ. Избранным считается кандидат, набравший более 50% голосов избирателей, принявших участие в голосовании. Если в избирательный бюллетень было включено более двух кандидатов и ни один из них не получил 50% голосов, назначается повторное голосование по двум зарегистрированным кандидатам, получившим наибольшее число голосов (второй тур).
II. Косвенное избрание (депутатами законодательного (представительного) органа государственной власти субъекта РФ). В таком случае механизм избрания включает следующие этапы:
- внесение политическими партиями, представленными в законодательном органе субъекта РФ или в Государственной Думе, на рассмотрение Президента РФ кандидатур на должность главы данного субъекта. Каждая из указанных партий может внести на рассмотрение Президента РФ не более трех кандидатур. Президент РФ не позднее чем за 20 дней до дня голосования по избранию высшего должностного лица субъекта РФ из предложенных ему кандидатур представляет трех кандидатов для избрания на указанную должность;
- проведение парламентского голосования. Избранным считается кандидат, за которого проголосовало большинство от установленного числа депутатов законодательного (представительного) органа государственной власти субъекта РФ.
Право выбора между указанными механизмами предоставлено самим субъектам РФ. На сегодняшний день в 71 субъекте РФ представлен механизм прямого избрания, в 14 – косвенного (Адыгея, Калмыкия, Кабардино-Балкария, Ингушетия, Карачаево-Черкесия, Дагестан, Крым, Мордовия, Северная Осетия – Алания, Камчатский край, Пермский край, Липецкая область, Ямало-Ненецкий автономный округ, Ханты-Мансийский автономный округ).
Требования к кандидату на должность главы субъекта РФ: гражданство РФ, а также отсутствие гражданства иностранного государства либо вида на жительство или иного документа, подтверждающего право на постоянное проживание на территории иностранного государства; дееспособность; возраст не менее 30 лет.
Высшее должностное лицо субъекта РФ:
а) представляет субъект РФ в отношениях с федеральными органами государственной власти, органами государственной власти субъектов РФ, органами местного самоуправления;
б) обнародует законы, удостоверяя их обнародование путем подписания законов или издания специальных актов, либо отклоняет законы, принятые законодательным (представительным) органом государственной власти субъекта РФ;
в) формирует высший исполнительный орган государственной власти субъекта РФ и принимает решение об отставке высшего исполнительного органа государственной власти субъекта РФ;
г) вправе участвовать в работе законодательного (представительного) органа государственной власти субъекта РФ с правом совещательного голоса;
д) обеспечивает координацию деятельности органов исполнительной власти субъекта РФ с иными органами государственной власти субъекта РФ.
Срок полномочий высшего должностного лица субъекта РФ – не более 5 лет без права замещать указанную должность более двух сроков подряд.
Высшее должностное лицо субъекта РФ не может быть одновременно депутатом Государственной Думы Федерального Собрания РФ, членом Совета Федерации Федерального Собрания РФ, судьей, замещать иные государственные должности РФ, государственные должности федеральной государственной службы, иные государственные должности субъекта РФ или государственные должности государственной службы субъекта РФ.
Основания для досрочного прекращения полномочий высшего должностного лица субъекта РФ:
- смерть;
- отставка по собственному желанию;
- отрешение от должности Президентом РФ, в том числе в связи с выражением ему недоверия законодательным (представительным) органом государственной власти субъекта РФ, утратой доверия Президента РФ, за ненадлежащее исполнение своих обязанностей;
- признание судом недееспособным или ограниченно дееспособным, безвестно отсутствующим или объявление умершим;
- вступление в законную силу обвинительного приговора суда;
- выезд за пределы РФ на постоянное место жительства;
- утрата гражданства РФ, приобретения гражданства иностранного государства либо получения вида на жительство или иного документа, подтверждающего право на постоянное проживание на территории иностранного государства;
- отзыв по инициативе граждан. Инициатива отзыва высшего должностного лица субъекта РФ может быть выдвинута не ранее чем по истечении одного года со дня его вступления в должность и требует сбора подписей не менее ¼ от числа избирателей, зарегистрированных на территории субъекта РФ. После проверки подписей комиссией по отзыву местный представительный орган должен назначить голосование по отзыву главы субъекта РФ. Исход голосования определяется простым большинством голосов.
2) Высший исполнительный орган государственной власти субъекта РФ (правительство, администрация).
Высший исполнительный орган государственной власти субъекта РФ является постоянно действующим органом исполнительной власти субъекта РФ. Его наименование, структура, порядок формирования устанавливаются конституцией (уставом) и законами субъекта РФ с учетом исторических, национальных и иных традиций субъекта РФ. В большинстве субъектов РФ высший исполнительный орган носит наименование Правительство, в 3 регионах – Администрация (Краснодарский край, Липецкая область, Тамбовская область).
Высшие исполнительные органы субъектов РФ формируются Главами субъектов РФ, прекращают полномочия по истечении срока полномочий Главы субъекта РФ. Возможно как прямое руководство Главами деятельностью правительства (Глава субъекта одновременно является главой правительства или администрации), так и руководство через должности Первых заместителей Главы, которые являются фактическими главами правительств или администраций.
Высший исполнительный орган государственной власти субъекта РФ:
- разрабатывает и осуществляет меры по обеспечению комплексного социально-экономического развития субъекта РФ, участвует в проведении единой государственной политики в области финансов, науки, образования, здравоохранения, культуры, физической культуры и спорта, социального обеспечения, безопасности дорожного движения и экологии;
- осуществляет в пределах своих полномочий меры по реализации, обеспечению и защите прав и свобод человека и гражданина, охране собственности и общественного порядка, противодействию терроризму и экстремизму, борьбе с преступностью;
- обеспечивает исполнение бюджета субъекта РФ и готовит отчет об исполнении указанного бюджета, ежегодные отчеты о результатах деятельности высшего исполнительного органа государственной власти субъекта РФ;
- управляет и распоряжается собственностью субъекта РФ в соответствии с законами субъекта РФ, а также управляет федеральной собственностью, переданной в управление субъекту РФ в соответствии с федеральными законами.

Федеральные органы исполнительной власти (федеральные министерства, службы и агентства) создают на территории одного или нескольких субъектов РФ соответствующие органы исполнительной власти, которые имеют наименование территориальных органов федеральных органов исполнительной власти.
Цель формирования территориальных органов исполнительной власти — осуществление полномочий федерального органа исполнительной власти в рамках конкретной территории. Территориальный орган федерального органа исполнительной власти создается для осуществления правоприменительных функций, функций по контролю, надзору и оказанию государственных услуг в установленной сфере деятельности, а также для реализации отдельных установленных законодательными и иными нормативными правовыми актами РФ задач и функций соответствующего федерального органа исполнительной власти. Примерами территориальных органов федеральных органов исполнительной власти являются Управление внутренних дел по Тульской области, Управление ФССП по Липецкой области, Управление ФСИН по Республики Башкортостан, Управление Роскомнадзора по Центральному федеральному округу и т.п.
На сегодняшний день выделяют несколько подходов к построению системы территориальных органов федеральных органов исполнительной власти:
- организация территориальных органов в федеральных округах. Далеко не у всех федеральных органов исполнительной власти имеются в системе такие территориальные органы, поскольку в их создании чаще всего не возникает необходимости. Такая необходимость может иметь место, например, когда окружные территориальные органы являются вышестоящими по отношению к региональным. Вместе с тем в последние годы наблюдается сокращение подобных территориальных органов вследствие избыточности, на наш взгляд, управленческих кадров и отсутствия насущной необходимости в таких органах. Например, были упразднены окружные территориальные органы в системе Министерства юстиции РФ;
- организация территориальных органов по иным межрегиональным принципам. Так, в системе Министерства промышленности и торговли РФ территориальные органы организованы, как правило, по условным районам (Восточно-Сибирскому, Волго-Вятскому, Центрально-Черноземному и др.);
- организация территориальных органов по субъектам РФ. Этот подход имеет наибольшее распространение. Территориальные органы могут учреждаться как в качестве единственно возможных, так и выше- или нижестоящих по отношению к другим территориальным органам. Так, в системе Федеральной службы по труду и занятости территориальные органы создаются только по субъектам РФ (Государственные инспекции труда в Липецкой, Самарской, Пензенской областях и т.д.);
- организация территориальных органов по муниципальным районам, городским округам (городам) и другим муниципальным образованиям. Например, в структуре территориальных органов МВД России предусмотрено создание управлений, отделов, отделений Министерства внутренних дел РФ по районам, городам и иным муниципальным образованиям;
- организация территориальных органов по внутригородским районам. В частности, в единую централизованную систему налоговых органов входят инспекции Федеральной налоговой службы по районам в городах, находящиеся в непосредственном подчинении Управления ФНС России по субъекту РФ.
- особые способы межрегиональной организации территориальных органов: по бассейновому принципу (в пределах бассейнов рек и других водных объектов, например, в системе Федерального агентства по рыболовству), по железным дорогам (например, система территориальных органов Управления Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по железнодорожному транспорту);
- организация территориальных органов за пределами РФ – дипломатические представительства (в системе МИДа), представительства (в системе Россотрудничества, ФТС России).
В отличие от органов исполнительной власти субъектов РФ, территориальные органы федеральных органов исполнительной власти:
- создаются в сфере исключительного ведения РФ (внешняя политика, внутренние дела, оборона, безопасность, надзор и т.п.), а не в сфере совместного ведения РФ и субъектов РФ (культура, образование, финансы и т.п.);
- создаются, комплектуются и подчиняются федеральным органам исполнительной власти. Так, назначение и освобождение от должности главы территориального органа исполнительной власти происходит по инициативе федерального министра лишь с учетом мнения главы субъекта РФ, но не по инициативе органов власти субъекта РФ;
- финансируются из федерального бюджета, а не из бюджета субъекта РФ.

Органы местного самоуправления формально не входят в систему органов исполнительной власти.
К органам местного самоуправления относятся:
1) представительный выборный орган муниципального образования (совет депутатов, собрание депутатов). В его исключительной компетенции находятся: принятие устава муниципального образования и внесение в него изменений; утверждение местного бюджета и отчета о его исполнении; установление, изменение и отмена местных налогов и сборов в соответствии с законодательством РФ о налогах и сборах;
2) глава муниципального образования – высшее должностное лицо муниципального образования. Глава муниципального образования подконтролен и подотчетен населению и представительному органу муниципального образования;
3) местная администрация (исполнительно-распорядительный орган муниципального образования). Местной администрацией руководит глава местной администрации на принципах единоначалия. Главой местной администрации может быть глава муниципального образования либо лицо, назначаемое на должность главы местной администрации по контракту, заключаемому по результатам конкурса на замещение указанной должности на срок полномочий, который определяется в уставе муниципального образования. В структуру местной администрации могут входить отраслевые и территориальные органы местной администрации;
4) контрольный орган муниципального образования (контрольно-счетная палата, ревизионная комиссия и др.);
5) иные органы местного самоуправления, предусмотренные уставом муниципального образования.
Местное самоуправление осуществляется на всей территории РФ в муниципальных образованиях (МО) следующих форм:
- сельское поселение – один или несколько объединенных общей территорией сельских населенных пунктов (поселков, сел, станиц, деревень, хуторов, кишлаков, аулов и других сельских населенных пунктов);
- городское поселение – город или поселок;
- муниципальный район – несколько поселений или поселений и межселенных территорий, объединенных общей территорией, в границах которой местное самоуправление осуществляется в целях решения вопросов межпоселенческого характера населением.
- муниципальный округ – несколько объединенных общей территорией населенных пунктов, не являющихся муниципальными образованиями;
- городской округ – один или несколько объединенных общей территорией населенных пунктов, не являющихся муниципальными образованиями, при этом не менее двух третей населения такого муниципального образования проживает в городах и (или) иных городских населенных пунктах;
- городской округ с внутригородским делением – городской округ, в котором образованы внутригородские районы;
- внутригородской район – часть территории городского округа с внутригородским делением;
- внутригородская территория города федерального значения – часть территории города федерального значения.