С 2004 года в систему федеральных органов исполнительной власти РФ входят:
1) федеральные министерства — федеральные органы исполнительной власти, осуществляющие функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в определенной сфере деятельности. Формально федеральное министерство не вправе осуществлять функции по контролю и надзору, а также функции по управлению государственным имуществом, кроме особых случаев. Федеральное министерство возглавляет министр РФ (федеральный министр). В структуру министерства могут входить федеральные службы и федеральные агентства соответствующего профиля;
2) федеральные службы — федеральные органы исполнительной власти, осуществляющие функции по контролю и надзору в установленной сфере деятельности (за исполнением органами государственной власти, органами местного самоуправления, их должностными лицами, юридическими лицами и гражданами установленных законом общеобязательных правил поведения; выдачу разрешений (лицензий) на осуществление определенного вида деятельности; регистрацию актов, документов, прав, объектов и т.п.), а также специальные функции в области обороны, государственной безопасности, защиты и охраны Государственной границы РФ, проведения борьбы с преступностью и обеспечения общественной безопасности. Федеральную службу возглавляет руководитель (директор) федеральной службы. Федеральная служба может входить в состав конкретного федерального министерства, быть подведомственна Президенту РФ или находиться в ведении Правительства РФ;
3) федеральные агентства — федеральные органы исполнительной власти, осуществляющие в установленной сфере деятельности функции по оказанию государственных услуг (предоставление услуг гражданам и организациям в области образования, здравоохранения, социальной защиты населения и т.п.), по управлению государственным имуществом (осуществление полномочий собственника в отношении федерального имущества) и правоприменительные функции, за исключением функций по контролю и надзору. Федеральное агентство возглавляет руководитель (директор) федерального агентства.
Несмотря на указанное разграничение полномочий между видами федеральных органов исполнительной власти, на практике по-прежнему отмечается определенное смешение функций: так, некоторые федеральные службы осуществляют действия, подпадающие под определение государственной услуги (осуществление отдельных государственных полномочий по запросам заявителей).
Фактически система федеральных органов исполнительной власти построена по функциональному принципу (по компетенции), однако ни в Конституции РФ, ни в каком-либо ином действующем законе данный принцип никак не закреплен и не обоснован.

Согласно Указу Президента РФ «О структуре федеральных органов исполнительной власти», федеральные органы исполнительной власти по критерию подотчетности делятся на три группы:
I. Федеральные министерства, федеральные службы и федеральные агентства, руководство деятельностью которых осуществляет Президент РФ, а также федеральные службы и федеральные агентства, подведомственные этим федеральным министерствам:
- Министерство внутренних дел РФ;
- Министерство РФ по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий;
- Министерство иностранных дел РФ (и подотчетное ему Федеральное агентство по делам Содружества Независимых Государств, соотечественников, проживающих за рубежом, и по международному гуманитарному сотрудничеству);
- Министерство обороны РФ (и подотчетные ему Федеральная служба по военно-техническому сотрудничеству, Федеральная служба по техническому и экспортному контролю);
- Министерство юстиции РФ (и подотчетные ему Федеральная служба исполнения наказаний, Федеральная служба судебных приставов);
- Государственная фельдъегерская служба РФ;
- Служба внешней разведки РФ;
- Федеральная служба безопасности РФ;
- Федеральная служба войск национальной гвардии РФ;
- Федеральная служба охраны РФ;
- Федеральная служба по финансовому мониторингу;
- Федеральное архивное агентство;
- Главное управление специальных программ Президента РФ (федеральное агентство);
- Управление делами Президента РФ (федеральное агентство);
II. Федеральные министерства, руководство деятельностью которых осуществляет Правительство РФ, а также федеральные службы и федеральные агентства, подведомственные этим федеральным министерствам:
- Министерство здравоохранения РФ (и подотчетная ему Федеральная служба по надзору в сфере здравоохранения);
- Министерство культуры РФ;
- Министерство науки и высшего образования РФ;
- Министерство просвещения РФ;
- Министерство природных ресурсов и экологии РФ (и подотчетные ему Федеральная служба по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды, Федеральная служба по надзору в сфере природопользования, Федеральное агентство водных ресурсов, Федеральное агентство лесного хозяйства, Федеральное агентство по недропользованию);
- Министерство промышленности и торговли РФ (и подотчетное ему Федеральное агентство по техническому регулированию и метрологии);
- Министерство РФ по развитию Дальнего Востока и Арктики;
- Министерство сельского хозяйства РФ (и подотчетные ему Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору, Федеральное агентство по рыболовству);
- Министерство спорта РФ;
- Министерство строительства и жилищно-коммунального хозяйства РФ;
- Министерство транспорта РФ (и подотчетные ему Федеральная служба по надзору в сфере транспорта, Федеральное агентство воздушного транспорта, Федеральное дорожное агентство, Федеральное агентство железнодорожного транспорта, Федеральное агентство морского и речного транспорта);
- Министерство труда и социальной защиты РФ (и подотчетная ему Федеральная служба по труду и занятости);
- Министерство финансов РФ (и подотчетные ему Федеральная налоговая служба, Федеральная пробирная палата (федеральная служба), Федеральная служба по регулированию алкогольного рынка, Федеральная таможенная служба, Федеральное казначейство (федеральная служба), Федеральное агентство по управлению государственным имуществом);
- Министерство цифрового развития, связи и массовых коммуникаций РФ (и подотчетные ему Федеральная служба по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций, Федеральное агентство по печати и массовым коммуникациям, Федеральное агентство связи);
- Министерство экономического развития РФ (и подотчетные ему Федеральная служба по аккредитации, Федеральная служба государственной статистики, Федеральная служба по интеллектуальной собственности);
- Министерство энергетики РФ;
III. Федеральные службы и федеральные агентства, руководство деятельностью которых осуществляет Правительство РФ:
- Федеральная антимонопольная служба;
- Федеральная служба государственной регистрации, кадастра и картографии;
- Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека;
- Федеральная служба по надзору в сфере образования и науки;
- Федеральная служба по экологическому, технологическому и атомному надзору;
- Федеральное агентство по государственным резервам;
- Федеральное медико-биологическое агентство;
- Федеральное агентство по делам молодежи;
- Федеральное агентство по делам национальностей;
- Федеральное агентство по туризму.
Руководители федеральных органов исполнительной власти, руководство деятельностью которых осуществляет Президент РФ, и их заместители назначаются на должность и освобождаются от должности Президентом РФ. Руководители (заместители руководителей) остальных федеральных министерств, федеральных служб и федеральных агентств назначаются на должность и освобождаются от должности Правительством РФ.